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口袋妖怪究極綠寶石5.4內置修改器是一款融合了經典口袋妖怪系列玩法的手機游戲。在游戲中，玩家將化身一位年輕的訓練師，通過捕捉和培養多種口袋妖怪，與其他訓練師展開對戰。游戲包含了劍盾及所有的神獸，為你提供獨特的口袋妖怪體驗。
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【游戲開始】
選定男女主角后，玩家的對手將會是與玩家性別相反的角色。為角色取好名字后，即可前往豐緣地區。
玩家會出現在未白鎮的一輛小貨車里。下車后看到了老媽，到達新家。媽媽讓玩家上樓去調整時鐘。調好后從旁邊的電腦里取出傷藥，之后下樓。
出門后受媽媽之托拜訪主角爸爸的朋友小田卷博士之家，就在隔壁。來到研究所，博士不在。到樓后調查一個精靈球，玩家的對手就會出現。對話后走出房子，往上離開未白鎮時，發現博士正被一只蛇紋熊追趕。
博士讓玩家在旁邊的背包里選擇一只精靈參加戰斗，趕跑蛇紋熊。跟博士回研究所，送主角火稚雞并幫忙找女兒。穿過101號道路就是古辰鎮了，古辰鎮上方是103號道路，在這里可以見到女主。在這里擊敗對手后，回到未白鎮的研究所，博士會送玩家圖鑒，對手也會給玩家5個精靈球。
離開研究所，媽媽還會送玩家跑步鞋。穿過102號道路來到橙華市，先去上方的訓練館。館主是玩家的爸爸，對話的時候會出現一個叫小光的綠頭發男孩。幫他抓完拉魯拉絲后，爸爸會告訴玩家，讓玩家收集4枚徽章后再來這里挑戰。
104號道路的上方是橙華森林。在前進的途中會遇到得文公司的一名職員，他被水艦隊的一名小兵攔截了。擊敗小兵后會獲得一個超級球。走出森林，還是104號道路，在這里的一間屋子里可取得吼吼鯨噴壺。
到達卡那茲市，進入卡那茲市訓練館
PC中心隔壁的房子可以獲得HM01一字斬，接下來就要去挑戰道館了。
館主：杜鵑 巖屬性 【如果是火主推薦練到16級再打，用2連踢】走出訓練館，會遇到剛才的職員與小兵。從106道路出發到達卡綠隧道。
在最右邊有條隧道，洞口有個老頭說他的長翅鷗被水艦隊的人搶走了。進去后會看到剛才的小兵和長翅鷗，擊敗他后會得到一個超級球，把長翅鷗還給老頭后就可以回卡那茲市了。
找到剛才的職員，他會帶玩家到得文公司找他的BOSS，BOSS會送玩家一個導航機，還讓玩家給一個正在武斗鎮、叫大吾的人送信。
之后在卡那茲市下方會遇到對手，他會向玩家挑戰。回到橙華森林下面的無人小屋，跟剛才的老頭對話，他會送玩家到武斗鎮。
武斗鎮訓練館剛到武斗鎮就可以獲得釣竿。然后就可以挑戰道館了，此處道館起初為一小塊可見度，隨著打敗道館內的訓練家，可見度慢慢擴大。
館主：藤樹 格斗屬性 【這里推薦去抓一只勾魂眼來打】挑戰完畢后往西北走，有個山洞，進去后跟里面的礦工對話可得到秘傳機05閃光。
往洞內深處走(需要閃光)碰到大吾，把信給他后會得到招式機47鋼翼。之后如果回到得文公司找BOSS還會得到學習裝置。再去找那個老頭，他會送玩家去凱那市。
剛到達凱那市，會發現在水族館門前有許多水艦隊的人。在下方的造船廠二樓跟一名老伯對話后，就可以進入水族館了。在二樓擊敗兩名小兵后即可離開凱那市。在110號道路會遇到對手，擊敗他后可獲得探寶儀。繼續前進可到達紫堇市。
紫堇市訓練館，在訓練館門前會遇到小光，跟他對戰后才可以進入訓練館。
館主：鐵旋 電屬性 【這里最好練一只小拳石，地震很方便，或者用沼躍魚的泥漿噴射Lv20Lv20Lv22Lv24
在精靈中心右邊的屋子里可獲得一輛自行車，有快速自行車和跳躍自行車兩種，分別有不同的功能，以后可隨時來換車。在右下角的屋子里可獲得秘傳機06碎巖。往左走是117號道路，這里有飼養屋，可放精靈到這里生蛋。
繼續前進就到綠蔭鎮了。在綠蔭鎮的上方有條隧道，把路上的巖石用碎巖劈掉后可獲得秘傳機04怪力。 回到紫堇市，(往右走，有一個小沙灘，朝沙灘上的一塊巖石上一點，就可以找到東西)往上走來到111號道路，這里有競速塔，上方是沙漠地帶，暫時還不能進去。
往左走，在112號道路那里有一條火之捷徑，走過去后發現已經穿過了沙漠地帶。繼續前進，穿過113號道路后來到秋葉鎮。秋葉鎮的左邊是114號道路，繼續前進會到達流星瀑布。
在流星瀑布里面會遇到水艦隊和火巖隊的人，對話后得知他們正在爭奪一顆化石。之后回到112號道路，在火之捷徑的旁邊有纜車，乘坐纜車即可到達凹凸山的山頂。
擊敗火巖隊的首領后可取得化石，之后可回秋葉鎮把化石交給之前在流星瀑布里的那名研究員。下山后可來到釜炎鎮。挑戰道館主 館主：亞莎 火屬性 【這里推薦抓一只瑪力露來打】Lv24Lv24Lv26Lv29
走出訓練館會遇到對手，他會給玩家一個躲避沙塵暴的道具，以后就可以去沙漠了。(注：在沙漠里有一座時有時無的虛幻塔，在里面可撿到一塊化石。)
橙華市訓練館，現在已經收集夠4枚徽章了，回到橙華市，向爸爸發出挑戰。
館主：千里 普通屬性 【這里要靠等級壓制，或者就用勾魂眼】
Lv27Lv27Lv29Lv31打敗爸爸后，小光的爸爸會出現，并送玩家秘傳機03沖浪。獲得5枚徽章后，玩家經過卡綠隧道再次來到紫堇市，在右邊使用沖浪來到118號道路，在這里會遇到大吾。
往上走是119號道路，這里有高草，只能走路前進。在119號道路的最上方，有一間氣象臺，里面被水艦隊占領了。
擊敗二樓的Boss后，氣象臺所長會送玩家一只漂浮泡泡。出氣象臺，過橋后會遇到對手，打倒她后會得到秘傳機02飛天。
繼續前進來到茵郁市。茵郁市的訓練館門前不知有什么東西擋住，無法進去，只好繼續趕路。在120號道路的橋上會再次遇到大吾，他告訴玩家那種透明的東西是變隱龍變的，并給玩家一瓶可令變隱龍顯身的噴霧劑，讓玩家擊敗或收服前面的變隱龍(30級)。
解決它，大吾將觀測鏡送給你，這樣就可以去挑戰道館了回到茵郁市，對訓練館門前的變隱龍使用噴霧劑即可進去。
館主：娜琪 飛行屬性 【首先去114號道路沖浪抓一只水躍魚，練高一點去用急凍光線可以很輕松Lv29Lv29Lv30Lv31Lv32
繼續前進，在121號道路會遇到火巖隊的人，來到水靜市后發現城市已經被水艦隊占領。在上方的百貨大樓門前會看到對手，在這里可與對手進行聯盟比賽前的最后一次比賽打敗他后，他就飛回家去了。
在水靜市最右邊，發現入海口被吼吼鯨封鎖，從水艦隊的小兵口中得知火巖隊大軍壓至落日山。回水靜市通過小道消息打聽到在凹凸山異常現象(不打聽也可進入劇情)，立即飛往釜炎鎮，坐纜車上山。
上到山頂后往下走，會有一陣地震，之后在山腰上會出現一個山洞，里面就是火巖隊的秘密基地。在深處遇到火巖隊首領，固拉多也在那里。對話后要與首領對戰。
之后飛到凱那市，在上方的船廠里發現潛水艇被水艦隊盜走。飛回水靜市，在右上方的水域里可進入水艦隊的秘密基地，在深處發現水艦隊的首領已坐著潛水艇逃走。
另外，在這個基地里還可撿到一個大師球。離開秘密基地，往右穿過124、125號水路，即可來到綠嶺市。先來挑戰道館，是對雙胞胎。
館主：楓，南 超能屬性 ，在綠嶺市右邊有一所研究所，里面被火巖隊占領。來到二樓，發現代后正被一個小頭目和首領纏住，上前便可與代后組隊作戰，每人可用3只精靈。
打敗火巖隊的人后，去綠嶺市左上角的屋子，大吾會送玩家秘傳機08潛水。離開綠嶺市，在127號水路使用潛水，在水中一直往下走，進入一個洞窟，發現潛水艇就在這里。
上岸后擊敗路上水艦隊的人，來到深處，遇到水艦隊首領，還有蓋歐卡。對話后要與水艦隊首領對戰，水梧桐：Lv41Lv41Lv43回話后蓋歐卡溜走，首領也離開。
游到126號道路，使用潛水，在中間上浮，即可到達琉璃市。固拉多和蓋歐卡在這里戰斗。與大吾對話，他會讓玩家進入覺醒寺。在覺醒寺深處找到Wallace，對話后他讓玩家去天柱找他。
離開琉璃市，游到131號水路，在水路的中間往上拐即可抵達天柱。在天柱頂層遇到烈空座后，即可飛會琉璃市。回到琉璃市，等烈空坐化解了災難后，可獲得秘傳機07登瀑，之后可以去打訓練館。
館主：亞當 水屬性在128號水路使用登瀑即可抵達精靈聯盟前面的冠軍之路，在這里需要使用秘傳機03、04、05、06、07才能過去。在冠軍之路1層會遇到小光。
闖過冠軍之路后就抵達精靈聯盟了。門衛驗證玩家擁有所有徽章后即可為玩家打開勝利的道路。開始挑戰四大天王和冠軍了。惡系天王花月 克制惡系的屬性：格斗、蟲;
被惡系克制的屬性：超能、鬼 【推薦：火焰雞易果石秒殺】Lv46Lv46Lv48Lv48Lv49
幽靈系天王芙蓉姐姐 克制鬼系的屬性：鬼本身、惡;被鬼系克制的屬性：鬼本身、超能 【兩個壓力特性很耗PP值，推薦練一只鬼系】Lv48Lv49Lv49Lv50Lv51
冰系天王波妮?克制冰系的屬性：火、格斗、鋼、巖石;被冰系克制的屬性：草、飛行、龍、地面?【推薦：火焰雞易果石】Lv50Lv50Lv52Lv52Lv53
龍系天王源治 克制龍系的屬性：龍本身、冰;被龍系克制的屬性：龍本身 【推薦：巨沼怪 急凍光線 蜥蜴王 龍之爪】Lv53Lv52Lv55Lv53Lv54
聯盟冠軍-Wallace 【這里要用等級壓制，屬性克制不太管用】Lv55Lv56Lv56
Lv56Lv57Lv58打敗冠軍后，玩家就成為了新一屆的聯盟冠軍，之后Wallace會帶玩家進入冠軍殿堂，記錄玩家的精靈。之后就通關了。一周目到此完結。
進入究極之洞事前準備：
足夠數量的各項消耗品，黃金噴霧最重要，請至少準備30個以上，萬靈藥、各類傷藥適量。
究極球：因為究極球對異獸有特別加成，捕捉率很高，基本上2~3球就抓的到，每種異獸捕捉前劇情都會送10顆，基本是夠用的，不過如果有心要收集究極球抓一般PM的，可以趁此機會刷，因為劇情結束后帥哥會待在1島的汽車旅館，離PM中心有段距離。
口袋妖怪究極綠寶石二隨意鎮遺跡打開之后里面沒什么東西
前提是先過了一周目，然后得到小星云并進化成日神或月神，到送神火山口，去里面的究極異洞，然后到隨意鎮，收集17塊石板，然后去抓阿爾宙斯前面就有，空間時間二選一。
幻島可以捉到小星云，但是幻島是每天隨機刷新的，每天找暮水鎮右下角房子里的老頭對話，他會告訴你今天有沒有幻島，有就從右邊沖浪一直走會看到一個平常沒有的島。小星云進化一次之后，在白天65級進化成日神，晚上65級進化成月神，流星瀑布只有一只小星云
在二周目中的流星瀑布和幻島上可以抓到日神和月神。日神和月神是指等小星云進化到65級，在白天會進化成為日神(黃昏之鬃)，晚上則會進化為月神(露奈雅拉)。
上面是小星云進化所得到的日月神。在二周目的流星瀑布那邊，其實只能得到一只很小的小星云，就在流星瀑布新開的洞穴處，抓到小星云之后就不要再耗在那邊了，重新找地方尋找，因為流星瀑布只能獲得一只小星云，也就是科斯莫古。
二周目：
首先，醒來的第一個地點還是在自己的家里;
下去跟父母交流一下，父親給了張船票;
接著母親問你精靈的顏色;
然后博士將你的圖鑒升級成386版本的，這時候收集圖鑒工作就可以開始了;
不過還是先去看看挑戰地區，到凱那市坐船到水靜市;
接著在第二間里面睡一覺就到挑戰地區了;
這邊每個房子里面的人基本上都有一個小故事，也可以跟換精靈，最主要的還是一個個挑戰關卡，有耐心的可以玩玩這部分的內容。
三周目：
主角從末白鎮出發，獲得第一個精靈(可以選擇所有時代的初始精靈，然后還可以得到綠寶石時代的三只御三家)
之后進入古辰鎮，古辰鎮103道路找到小遙，完成劇情后開始正式的游戲
進入橙華市后找到父親，在父親的指導下進入卡那茲市
卡那茲市有第一個道館，戰勝之后從得文總部得到去武斗鎮的消息，需要去武斗鎮尋找大吾
在武斗鎮戰勝第二個道館，格斗道館后得到閃光的使用能力，繼而開始進入石之洞窟，找到大吾
找到大吾之后先回到卡那茲市完成劇情任務，然后從武斗鎮中轉到達凱那市，找到凱那市的船長，完成任務后進入紫堇市
進入紫堇市后完成電系道館的戰斗，去往綠蔭鎮，完成隧道任務后回到紫堇市。
多樣的戰斗模式，無比新穎的劇情關卡，保證帶給你們最為難忘的游戲體驗
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寵物合理捕捉
全部寵物捕捉都要做好充足的準備規劃，爭取一次完成，避免不必要的意外。
精彩趣味關卡
精彩趣味關卡輕松推進挑戰，還能以此完成更多冒險任務收獲獎勵，不容忽視。
地圖冒險探索
各式各樣的征戰地圖都能自行探索，通過地圖探索的方式就能收獲大量樂趣。
劇情豐富精彩
豐富完整的劇情故事還原設定，擁有精彩趣味的體驗嘗試，還能充分完成更多任務。
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